Az Újpest Kertvárosi Szent István Plébánia kezdeményezésére 1998-ban megalakult az Újpest-Kertvárosi Orgona Alapítvány. Az alapítvány a templom új, művészi kialakítású, klasszikus sípos orgonájának megvalósítását felügyelte, a közadakozás megszervezését, a hangszer legyártását és beépítését, majd a továbbiakban annak fenntartását és üzemleltetését.

A templom közössége lelkesen támogatta a nemes cél megvalósulását. Az orgonaépítésre gyűjtött pénzmag az évek során fokozatosan gyarapodott, ám még igen sok évre és töretlen adakozókedvre lett volna szükség, hogy összegyűljön a kívánt összeg. Végül egy vagyonos polgár nagylelkű adományának köszönhetően, a pécsi orgonaépítő műhely elkészíthette az új orgonát.

Az orgonaavatóra 2006 őszén került sor. Az ünnepi misét, amelyre egybesereglett a kerület apraja-nagyja, dr. Erdő Péter bíboros celebrálta. Az orgonaszentelést követő agapén, a helyi közösség Pető Tamás Megfeszítve című képét ajándékozta az érseknek, a különleges nap emlékeként.